Für eine Sonderkommission war es schwierig, die Abschottung gegenüber der Dienststelle, bei der sie untergebracht war, aufrechtzuerhalten. Die Abschottung der Sonderkommission wurde von Kollegen der Dienststelle als Arroganz aufgefaßt. Deshalb wurde der Vorschlag gemacht, eine bessere Aufklärung durch den Dienststellenleiter zu veranlassen, um damit für(mehr) Verständnis bei den Kollegen zu sorgen.
Der Leiter einer größeren Sonderkommission fühlte sich mit der alleinigen Leitung überfordert, er regte an, die Leitung einer großen Sonderkommission auf ein Führungsteam zu verteilen.
Die Mitarbeiter von zwei Sonderkommissionen wünschten sich eine eindeutigere Aufgabenabgrenzung bzw. eine klarere Aufgabenverteilung, verbunden mit einer besseren Koordination.
Bei der Frage nach organisatorischen Mängeln wurde von den Beamten auch die Raumausstattung angesprochen. Eine bessere räumliche Ausstattung wurde in zwei Richtungen gefordert: einmal eine bessere Abschottung gegenüber der Dienststelle und zum anderen eine zentralere Unterbringung der Mitarbeiter. Zu wenig Fahrzeuge und der verspätete Einsatz von SPUDOK bzw. EDV wurden weiterhin bemängelt.
Ebenfalls als negativ wurden empfunden:
* der zu frühe Kräfteabzug in einer Sonderkommission,
* der Austausch von Sonderkommissions-Mitarbeitern, der Einfluß der Presse sowie
die ungeregelte Essensversorgung, z.B. bei der Tatortabsuche.
Abhängig davon, ob es sich um eine dienststelleninterne oder eine dienststellenübergreifende Sonderkommission handelte, war der Leiter fachlicher und disziplinarischer oder ausschließlich fachlicher Vorgesetzter.
In einer Sonderkommission war der Leiter weder fachlicher noch disziplinarischer Vorgesetzter bei einem Teil der Mitarbeiter, weil Beamte vom Zoll hinzugezogen waren.
Neben der sonderkommissionsinternen Organisation wurden auch Fragen zur Zusammenarbeit zwischen Sonderkommission und Primärorganisation gestellt.